Neben Achterwasser und Stettiner Haff ist der Peenestrom ein Haffgewässer der Insel Usedom. Er verläuft vom Stettiner Haff, etwa bei Karnin auf dem Usedomer Winkel, bis zur Peenemündung bei Peenemünde. Dort schließt sich der Greifswalder Bodden, ein Teil der Ostsee, an.
Abendstimmung am Peenestrom: Sandstrand nördlich von Peenemünde.
Zwischen den Usedomer Halbinseln Lieper Winkel im Süden und Wolgaster Ort im Norden verläuft der Peenestrom durch das Achterwasser. Die beiden Inselbrücken von Usedom überspannen den Peenestrom bei Wolgast (B111) und bei Zecherin (B110). Bis 1945 gab es zudem eine gewaltige Eisenbahnhubbrücke über den Peenestrom bei Karnin auf dem Usedomer Winkel. Diese Brücke wurde jedoch zum Kriegsende gesprengt und die Eisenbahntrasse Berlin-Usedom zwischen Durcherow (Festland) und Swinemünde (Swinoujscie) aufgegeben.
Landschaftlich ist die Usedomer Küste zum Peenestrom von besonderem, sanftem Reiz. An den zumeist recht breiten Schilfgürtel schließt sich hinter dem Deich weites Wiesenland mit den für Usedom charakteristischen Meliorationsgräben an. Diese Gebiete sind ein Paradies für viele Tierarten. So wird der aufmerksame Beobachter Seeadler, Fischotter, Reiher und viele Amphibien und Reptilien entdecken können. Der breite Schilfgürtel bietet zahlreichen See- und Wasservögeln einen geeigneten Lebensraum.
Besonders schön lässt sich der Peenestrom bei Usedom während einer Schifffahrt entdecken. Im nördlichen Peenestrom zwischen Wolgast und Peenemünde liegen mehrere große, unbewohnte Schilfinseln (Rohrplan, Großer und Kleiner Wotig) im Wasser des Peenestroms. Auch sie sind für Seevögel ein unverzichtbarer Lebensraum.